Ο Ιωάννης Καποδίστριας διετέλεσε πρώτος κυβερνήτης του νεοσύστατου ελληνικού κράτους, για το μεταβατικό εκείνο διάστημα που η χώρα τελούσε υπό την κηδεμονία των Μεγάλων Ευρωπαϊκών Δυνάμεων.
Καταγόταν από ευγενή οικογένεια της Κέρκυρας με μακρά πολιτική παράδοση, πράγμα που τον ώθησε να ασχοληθεί από νέος με την πολιτική. Το 1801, όταν αυτονομήθηκαν τα Επτάνησα, και σε ηλικία μόλις 25 ετών έγινε ο ένας από τους δύο διοικητές της Ιονίου Πολιτείας. Δύο χρόνια αργότερα βρέθηκε στη Λευκάδα, της οποίας ενίσχυσε την άμυνα βλέποντας τις απειλητικές διαθέσεις του Αλή Πασά, και γνωρίστηκε με τον Ανδρούτσο, τον Κολοκοτρώνη κι άλλους οπλαρχηγούς.
Το 1809 εντάχθηκε στο διπλωματικό σώμα της Ρωσίας μετά από πρόσκληση του τσάρου Αλέξανδρου Α’. Ως εντεταλμένος της Ρωσίας μεταξύ άλλων συμμετείχε στο συνέδριο της Βιέννης το 1814, το οποίο έθεσε της βάσεις της «Ιερής Συμμαχίας». Οι διπλωματικές του επιτυχίες τον οδήγησαν γρήγορα στο να ανελιχθεί σε υπουργό εξωτερικών, θέση την οποία κατείχε ως το 1822. Αναγκάστηκε να παραιτηθεί όταν με την κήρυξη της Επανάστασης τάχθηκε ανοιχτά εναντίον του Τσάρου και της πολιτικής μηδενικής ανοχής απέναντι στα εθνικοαπελευθερωτικά κινήματα. Εγκατέλειψε τη Ρωσία κι εγκαταστάθηκε στη Γενεύη.
Επέστρεψε στην Ελλάδα το 1828 όταν η Γ’ Εθνοσυνέλευση της Τροιζήνας, που πραγματοποιήθηκε την προηγούμενη χρονιά, τον εξέλεξε κυβερνήτη με επταετή θητεία. Έφτασε στο Ναύπλιο στις 7 Ιανουαρίου κι έγινε δεκτός με εκδηλώσεις θαυμασμού από τον κόσμο. Στις επόμενες μέρες μετέβη στην Αίγινα που κρίθηκε καταλληλότερη από το Ναύπλιο ως έδρα της κυβέρνησης.
Η δράση του για τη σύσταση ενός λειτουργικού κράτους ήταν έντονη. Προσπάθησε να δημιουργήσει ένα χρηματοπιστωτικό σύστημα, αντιμετωπίζοντας μεγάλες δυσκολίες, καθώς στο εσωτερικό της χώρας κυκλοφορούσαν ακόμα γρόσια και νομίσματα ξένων χωρών. Δημιούργησε λοιπόν το πρώτο ελληνικό νόμισμα, το φοίνικα, κι ίδρυσε Εθνικό Νομισματοκοπείο. Στη συνέχεια, δημιούργησε ταχυδρομική υπηρεσία, αναδιοργάνωσε τις ένοπλες δυνάμεις και δημιούργησε δικαστήρια και στατιστική υπηρεσία. Ασχολήθηκε επίσης με την ενίσχυση της γεωργίας και, σύμφωνα με το γνωστό θρύλο, έφερε πρώτος την πατάτα στην Ελλάδα. Βάζοντας φρουρούς γύρω από το εμπόρευμα δημιούργησε στους πολίτες την αίσθηση ότι επρόκειτο για κάτι πάρα πολύ σημαντικό. Έδωσε, λοιπόν, εντολή στους φρουρούς να κάνουν τα στραβά μάτια όταν ο κόσμος πέρναγε κι έκλεβε πατάτες.
Παρόλ’αυτά, ο ίδιος ήταν υπέρμαχος της πεφωτισμένης δεσποτείας, του συστήματος δηλαδή που κρίνει ότι ο λαός δε δύναται να κυβερνήσει με σύνταγμα και χρειάζεται έναν επιβλέποντα μονάρχη, και κατήργησε το σύνταγμα της Τροιζήνας. Το καθεστώς της απολυταρχίας θα διατηρηθεί μέχρι την επανάσταση της 3ης Σεπτεμβρίου 1843. Στη διακυβέρνηση υποβοηθήθηκε από το Πανελλήνιο μια 27μελή επιτροπή. Ο αυταρχισμός του δεν άργησε να επιφέρει ρήξη ανάμεσα στον κυβερνήτη και τους οπλαρχηγούς, οι περισσότεροι από τους οποίους τοποθετήθηκαν σε καίριες θέσεις. Άμεση συνέπεια της δυσμένειας στην οποία βρέθηκε ο Καποδίστριας ήταν περιοχές όπως η Μάνη να πάψουν να πληρώνουν φόρους. Ο κυβερνήτης άνοιξε βεντέτα με μια από τις σημαντικότερες οικογένειες προεστών, τους Μαυρομιχάληδες, όταν διέταξε τη σύλληψη του Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη.
Στις 27 Σεπτεμβρίου 1831 οι Γεώργιος και Κωνσταντίνος Μαυρομιχάλης έστησαν ενέδρα και δολοφόνησαν τον Καποδίστρια μπροστά στην εκκλησία του Αγίου Σπυρίδωνα. Το πλήθος λίντσαρε το Γεώργιο ενώ ο Κων/νος ζήτησε καταφύγιο στη γαλλική πρεσβεία. Όταν ο όχλος απείλησε να κάψει το κτήριο, ο δράστης παραδόθηκε στις ελληνικές αρχές καταδικάστηκε σε θάνατο κι εκτελέστηκε μερικές μέρες αργότερα. Τον Ιωάννη διαδέχτηκε προσωρινά ο αδελφός του, Αυγουστίνος, σχηματίζοντας μια διοικητική επιτροπή με τον Ι. Κωλέττη και το Θ. Κολοκοτρώνη. Οι Μεγάλες Δυνάμεις, εκμεταλλευόμενες την κατάσταση και υπό το φόβο της επαναφοράς του συντάγματος που θα εξασφάλιζε την αυτοδιάθεση του λαού, προέταξαν την ανάγκη εγκαθίδρυσης μοναρχίας για τη σωστή διοίκηση του κράτους.
Η σωρός του Ιωάννη Καποδίστρια μεταφέρθηκε πίσω στην Κέρκυρα από τον αδερφό του κι ενταφιάστηκε στη Μονή Πλατυτέρας.
